Anime opowiada o grupce przyjaciół, Rintarou Okabe, Mayuri Shiina, Hashida Itaru. Udało się im przerobić kuchenkę mikrofalową w urządzenie umożliwiające wysyłanie wiadomości do przeszłości. Ich eksperyment nie przeszedł bez echa. Organizacja SERN, zamieszana w podróże w czasie, zaczyna się nimi interesować.